普通蒸馏有鼓泡，出现沸腾现象，而分子蒸馏是液膜表面的自由蒸发，操作压力很低.一般为0.1-1Pa数量级，受热时间很短。一般仅为十秒至几十秒，普通蒸馏的蒸发和冷凝是可逆过程，液相和气相之间处于动态相平衡，而在分子蒸馏过程中，从加热面逸出的分子直接飞射到冷凝面上，理论上没有返回到加热面的可能性，所以蒸馏没有不易分离的物质。蒸馏技术能分离常规蒸馏不易分离的物质，蒸馏装置必须保证体系压力达到的高真空度，对材料密封要求较高，且蒸发面和冷凝面之间的距离要适中，设备加工难度大，造价高。产品的耗能小，由于蒸馏整个分离过热损失少，由于分子蒸馏装置独特的结构形式，其内部的压强极低且内部阻力远比常规蒸馏小，因而可大大节省能耗。